Rautatieliikenne on ympäristöystävällinen kuljetusmuoto. Junaliikenteen osuus liikenteen päästöistä on päästölajista riippuen vain 0,2-1,8 prosenttia. Liikennesektorin energiankulutuksesta rautatieliikenteen osuus on 2,5 prosenttia.

Rautatieliikenteen merkittävimmät ympäristöhaitat ovat melu ja tärinä. Ratahallintokeskus (RHK) on toteuttanut pääkaupunkiseudulla erillisen rautatieliikenteen meluntorjuntaohjelman. Eri puolilla Suomea on käynnissä yksittäisten kohteiden meluntorjuntaohjelmia. Rataverkon pahimpia tärinäkohteita poistetaan tai kohteiden tärinähaittojen hallintaan kehitetään toimivia ratkaisuja.

Rautatieliikenne on turvallista. Huolta aiheuttavat lähinnä tasoristeykset, joiden vähentäminen on tärkeässä roolissa liikenneturvallisuuden parantamisessa. Tässä työssä yhteistyökumppaneina ovat Tiehallinto ja kunnat.

Rautateiden turvallisuutta koskevien määräysten antaminen on siirtynyt RHK:sta 1.9.2006 alkaen Rautatievirastoon. RHK:n toiminta painottuu entistä tiiviimmin radanpitoon ja rautatiejärjestelmän kehittämiseen sekä rautatieliikenteen hallintaan.